15 Temmuz sonrasında açılan darbe girişimi davasının ana dosyasına Balyoz, Ergenekon ve Askeri Casusluk davaları da eklendiğini İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı açıkladı. Darbe girişimi ana dosyasına Askeri Casusluk, Ergenekon ve Balyoz soruşturmaları da eklendi. İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı soruşturmaların birleşmesine karar verdi. Verdiği bu karar sonrasında Başsavcılık Genelkurmay Başkanlığı'na bu konu hakkında yazı gönderdi.
Genelkurmay Başkanlığı'na gönderilen yazı Savcılık yazısıda, 15 Temmuz'da Fetullahçı Terör Örgütü mensubu bir kısım askerlerce Türkiye Cumhuriyeti'ne yönelik darbe girişiminde bulunulmasına ilişkin soruşturma yürütüldüğü hatırlatıldı. Yazıda, Kapatılan Ceza Muhakemesi Kanunu 250. ve Terörle Mücadele Kanunu 10. Maddesiyle yetkili Cumhuriyet Başsavcılıkları ve Ağır Ceza Mahkemelerince Ergenekon, Balyoz, Askeri Casusluk gibi isimlerle bilinen ve söz konusu terör örgütüne mensup hakim, savcı ve emniyet mensupları tarafından yapıldığı hususunda şüphe bulunan soruşturma ve kovuşturmalarda terör örgütü mensubu olmayan askerlerin hedef alındığı belirtildi. Gönderilen yazıda, sahte veya manipüle edilmiş delillere dayanılarak kararlar verildiği belirtildi. Bu şekilde terör örgütü mensubu olmayan askerlerin silahlı kuvvetlerden çıkarılmaları veya emekliye ayrılmalarının sağlanarak tasfiye edildiği iddialarının olduğunu yazıda kaydedildi
Genelkurmay Başkanlığı'na sorulan sorular Savcılık, Genelkurmay Başkanlığı'ndan kayıtlarını inceleyerek şu sorulara cevap vermesini talep etti: 1- CMK 250. ve TMK 10. maddeleriyle yetkili başsavcılıkları ve ağır ceza Mahkemelerince haklarında soruşurma açılan ve kovuşturma yürütülen muvazzaf askerlerin kimlikleri ve adli işlem tarihi itibariyle görevleri nelerdir? 2- Bu kişiler hakkında hangi idari tasarrufların uygulandığı veya emekliye ayrılıp ayrılmadıkları, adli işlem tarihinden sonra vekaleten veya asaleten bu şahısların mevcut görevlerine hangi askerler atandı? 3- Atanan askerlerin darbe girişiminin gerçekleştiği 15 Temmuz 2016 tarihi itibariyle görevleri nelerdir? 4- Darbe girişimine iştirak ettikleri iddiasıyla haklarında soruşturma yapılıp yapılmadığı, yapılmış ise meslek safahatlari nedir? Savcılık söz konusu yazısının sonunda, bu hususlar hakkında hazırlanacak raporun İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderilmesini istedi. Öte yandan savcılığın, Balyoz Davası, Ergenekon ve Askeri Casusluk Davaları'nın darbenin ön hazırlığı olarak değerlendirdiği öğrenildi.