İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Terör ve Örgütlü Suçlar Soruşturma Bürosunca yürütülen FETÖ soruşturması çerçevesinde, "terör örgütünün medya unsuru olarak faaliyet yürüttüğü'' iddiasıyla gözaltına alınan Muratoğlu, emniyetteki işlemlerinin tamamlanmasının ardından Çağlayan'daki İstanbul Adalet Sarayına getirildi. Soruşturmayı yürüten savcılık, ifadesini aldığı Muratoğlu'nun tutuklanması talebiyle nöbetçi hakimliğe sevk etti.